MMC配基與目標(biāo)蛋白之間存在多種相互作用模式，包括疏水作用、靜電作用以及氫鍵作用等。

MMC介質(zhì)的配基密度較高，且具有非鹽依賴吸附特性，并可通過調(diào)節(jié)pH來實(shí)現(xiàn)蛋白的有效洗脫。

蛋白可與MMC介質(zhì)所偶聯(lián)的疏水基團(tuán)和離子交換基團(tuán)共同作用：當(dāng)離子強(qiáng)度較低時(shí)，靜電相互作用起主導(dǎo)作用；當(dāng)離子強(qiáng)度較高時(shí)，則疏水相互作用占據(jù)主導(dǎo)作用；中等離子強(qiáng)度時(shí)，疏水和靜電可能共同作用。

蛋白的洗脫通常有兩個(gè)途徑：當(dāng)以疏水結(jié)合為主導(dǎo)時(shí)可以通過降低洗脫液pH，通過蛋白和配基之間的靜電排斥作用來實(shí)現(xiàn)洗脫；當(dāng)靜電結(jié)合為主導(dǎo)時(shí)，則可通過增加離子強(qiáng)度從而減弱靜電相互作用，實(shí)現(xiàn)蛋白的洗脫。